我が国初の私立医系総合大学として、医学部・歯学部・薬学部の教授陣が互いに連携して教育に当たり、大きな成果を挙げている。
1年次は全寮制の富士吉田キャンパスで教養科目・基礎科目と、医学部専門科目の教授による「医学特論」を学ぶ。動機づけ教育の一環として、1年次の後期に早期体験実習、2年次の前期に病院体験実習を実施している。3・4年次には、臨床学演習としてチュートリアルを取り入れるなど、臨床医学の全領域を系統的に学ぶ。また、4年次の後期には基本的診察技法実習が行われ、その成果を評価するOSCE（客観的臨床能力試験）及びCBTを行い、この2つの試験に合格した者が、5年次の臨床実習へ進む。5年次の1年間で、昭和大学病院・藤が丘病院において臨床実習が展開されるが、救急医学実習では救急車に同乗し、救急医療の実地体験も行うなど、きわめて実りある充実した実習内容となっている。6年次進級前には、総括的評価としてのOSCEを行う。6年次になると本学附属の各病院や他大学・他医療機関、またチューレン大学をはじめとする海外の大学や医療機関でのクリニカルクラークシップ形式の選択実習が6月まで行われる。
こうした基礎医学から臨床医学への一貫した綿密な教育が医師国家試験の高い合格率を支えている。